Pacientes do Sistema Único de Saúde contam com padrão elevado de serviços oferecidos pelo Hospital e Maternidade Santa Isabel. A ala destinada aos pacientes do SUS passou por reformas e os serviços oferecidos vem avançando em qualidade. Todos os apartamentos destinados a esses pacientes contam com aparelho de televisão e banheiro privativo. O serviço de alimentação, sob criterioso cuidado nutricional, tem rígido controle de qualidade.
Pacientes SUS também têm assegurados alto padrão em exames laboratoriais e de imagem realizados. Todos os recursos obtidos pelo Hospital, por meio dos atendimentos que realiza a clientes SUS ou de planos de saúde complementar, são reinvestidos na manutenção e desenvolvimento da instituição.
O Ministério da Saúde criou o Programa de Reestruturação e Contratualização dos Hospitais Filantrópicos do Sistema Único de Saúde (SUS), em 2005. Por meio desse Programa, a Secretaria Municipal de Saúde de Jaboticabal e o Hospital firmam um contrato que estabelece as metas a serem atingidas e o valor de pagamento pelos serviços.